Su acceso a los estudios de Medicina no fueron fáciles, pues en la época las mujeres no podían asistir oficialmente a las clases en la universidad, siéndoles posible sólo la asistencia como oyentes (sin derecho a exámenes); para poder obtener el título, podían estudiar en el propio hogar, con tutela de profesores, y luego tenían que solicitar un permiso especial del Ministerio de Fomento.

María Elena, por tanto, tuvo que recibir las clases en privado en un principio, no pudiendo incorporarse a la universidad hasta que Narciso Carbón, catedrático de Terapéutica, la admite en su aula, tras autorizar el Rey Amadeo I, mediante una Real Orden, la posibilidad de que las mujeres estudiaran oficialmente Medicina; su primera entrada en el aula fue recibida con aplausos por parte de sus compañeros. Ella fue la primera matriculada oficialmente como mujer en la Facultad de Medicina de la Universidad de Barcelona, el curso 1872-73; otras habían accedido anteriormente, pero vestidas con prendas masculinas.aría Elena acabó los estudios en 1878, y el 1 de febrero de 1879 pidió permiso para hacer el examen de licenciatura. El hecho de que fuera mujer produjo gran confusión en los órganos burocráticos, que tardaron más de tres años en otorgarle el permiso. Lo obtuvo en junio de 1882, examinándose el 25 de octubre y obteniendo la calificación de sobresaliente. No hay constancia, sin embargo, de que se doctorase, pero el tiempo de espera no fue desaprovechado, optando por estudiar Magisterio, teniendo ahora por vocación la enseñanza, su trabajo de vida. Diferente fueron los casos de Dolors Aleu Riera y Martina Castells Ballespí, que fueron las primeras mujeres en licenciarse y en doctorarse en Medicina en 1882.